Standardní model ovšem nemůže být konečnou teorií mikrosvěta, protože na některé velmi podstatné otázky odpovědět neumí.
Proč existují tři generace kvarků a leptonů?

Jsou kvarky a leptony skutečně fundamentální, nebo se skládají z něčeho ještě menšího?
Standardní model nedává žádnou předpověď pro hmotnosti částic; odkud vyplývají jejich hodnoty?

Podle toho, co pozorujeme v experimentech s částicemi, by mělo ve vesmíru být stejně hmoty, jako antihmoty; proč je tedy pozorovaný vesmír tvořen převážně "obyčejnou" hmotou?

Jak zapadá do obrázku zprostředkovaného standardním modelem gravitace?

Víme, že ve vesmíru musí být mnohem víc hmoty, než astronomové bezprostředně pozorují. Co tvoří tuto neviditelnou hmotu?

Právě takové nezodpovězené otázky vedou fyziky k tomu, že staví stále nové a silnější urychlovače a provádějí na nich experimenty, aby jim srážky částic při stále vyšších energiích poskytly vodítko k řešení těchto záhad.